根据中共中央、国务院《关于海南省党政机构改革方案的通知》(中委[2000]36号)确定职责，省审计厅内设10个处级职能机构：

　　(一) 办公室
起草、审核有关综合性文件和重要报告；负责会议组织、秘书事务、信息综合、宣传、计划、统计、文电处理、文书档案管理和机要保密工作；制定机关内部规章制度；负责办公现代化管理工作；负责本厅信访工作；负责审计计划、统计工作。财务管理职能按有关规定执行。

　　(二) 人事教育处(机关党委、机关工会)
按规定负责厅机关及所属事业单位的机构编制、人事管理、老干部服务和党群工作；负责本系统的教育培训工作。

　　(三) 法制处
　　监督本系统有关法律、法规、规章的执行情况；负责综合性政策的调研工作；拟定地方性法规、规章草案；指导、承办行政复议、应诉工作；承担本系统普法工作。

　　(四) 财政审计处
拟定全省财政预算执行情况的审计总体方案，并组织实施；负责审计省本级财政预算执行情况、省地方税务局系统税收征管情况、省国库办理省级预算资金的收纳拨付情况、各市县人民政府财政预算执行情况和决算；负责审计省财政厅、省地方税务局等部门及其下属单位的财务收支状况；开展专项审计和审计调查。

　　(五) 金融审计处
根据审计署授权，负责对国家政策银行、国有商业银行、国有保险公司、证券公司和其他国有金融机构的资产、负债和损益状况进行审计；审计地方金融机构的资产、负债和损益状况；开展专项审计和审计调查。

　　(六) 政府投资审计处
组织对国家在本省境内的建设项目预概算执行情况和决算进行审计；负责对本省重点建设项目实施开工前审计、预算　　(概算)执行情况审计和竣工决算审计，对重点建设项目有关的财务收支进行审计；开展专项审计和审计调查。
负责审计国际组织和外国政府贷款、援助和赠款项目的财务收支；负责审计世界银行、亚洲开发银行等国际金融机构组织约贷款、援助项目；负责审计省境外、港澳地区企业和投资项目；开展专项审计和审计调查。

　　(七) 经贸审计处
负责审计工业、交通企业；负责审计盐业发展、电力发层、公路建设、铁路建设、民航、港口建设等基金；负责审计商粮贸、旅游、服务业等企业；指导和监督内部审计工作；开展专项审计和审计调查。

　　(八) 行政事业审计处
负责审计省委各部门、省人大机关、省政府各部门、省政协机关、省高级人民法院、省人民检察院、民主党派机关和与财政有拔缴款关系的社会团体的财政财务收支。
负责审计省政府主管部门管理和受省政府委托由社会团体管理的养老、医疗、工伤、失业等社会保险基金的财务收支以及各项社会福利、救灾救济、优抚安置和社会捐赠资金的管理使用情况；开展专项审计和审计调查。

　　(九) 农业与资源环保审计处
负责审计农业、林业、水利、海洋渔业、国土资源环保主管部门及其下属单位的财务收支；负责审计农林水、海洋渔业、扶贫、国土资源环保资金的筹集、管理、使用情况；开展专项审计和审计调查。

　　(十) 经济责任审计管理处
负责党政领导干部和国有企业法定代表人任期经济责任审计；负责起草、审核有关综合性文件和重要报告；对内部审计工作进行指导和监督。